Dinamika politik di tingkat lokal, nasional dan global senantiasa menjadi acuan IRE dalam merumuskan program guna pencapaian visi dan misi. Sejak tahun 1994, IRE telah mengambil peran aktif untuk menyemai benih kesadaran di kalangan warga negara agar mampu bersikap kritis dan bertindak taktis bagi perwujudan demokrasi untuk mencapai kesejahteraan bersama. Seiring dengan peningkatan kesadaran warga, IRE memfasilitasi pula terbukanya ruang kemitraan dan jaringan baik secara horisontal maupun vertikal. Beberapa program yang telah dikembangkan IRE antara lain: pendidikan kewarganegaraan dan pengembangan keterampilan berdemokrasi (1997-2001), pengembangan wacana demimiliterisasi dan demiliterisme (1999-2001), promosi good governance dalam konteks otonomi desa (2001-2003), penguatan masyarakat adat untuk perlindungan hak-hak masyarakat asli (2001-2004), pembaharuan desa dalam kerangka mewujudkan pemerintahan desa yang semakin responsif dan upaya-upaya pemberdayaan masyarakat (2001-2008).
Sebagai kelanjutan dari program-program sebelumnya, saat ini IRE mengembangkan program yang terkait dengan: (1) Village Reform, (2) Local Democracy, (3) Deepening Democracy, (4) Poverty Alleviation, dan (5) Community Development & Empowerment. Village Reform (VR) merupakan agenda jangka panjang IRE yang telah dimulai pada awal 2000 untuk merumuskan, mengembangkan, mempromosikan, dan advokasi pembaharuan desa yang berorientasi pada penguatan dan kemandirian desa menuju pada kesejahteraan warga desa. IRE terlibat aktif dalam memperjuangkan regulasi nasional tentang desa yang telah menuai titik terang dengan dimasukkannya pembahasan RUU tentang Desa dalam Prolegnas 2010 – 2014.
Dalam konteks Local Democracy (LD), IRE memandang bahwa desentralisasi di Indonesia telah menghasilkan perubahan baru dalam pengaturan pemerintahan lokal, tetapi pada kenyataanya masih tetap berhadapan dengan struktur lama yang menghambat desentralisasi dan demokrasi. Hambatan tersebut berwujud masih kuatnya arogansi kekuasaan dan lemahnya masyarakat sipil dalam menjalankan fungsi kontrol. Oleh karena itu, IRE terus melibatkan diri dalam revisi UU 32/2004 sebagai payung berjalannya desentralisasi di Indonesia. Selain bergerak di tingkat regulasi, IRE juga melakukan kerja-kerja kemitraan dengan beberapa pemerintah daerah untuk mendorong perubahan pengelolaan kepemerintahan di aras lokal sekaligus menumbuhkembangkan partisipasi warga.
Sejalan dengan implementasi program LD, dikembangkan pula program Deepening Democracy (DD) baik dari sisi negara maupun masyarakat. Dari sisi negara, ditempuh melalui dua rute: pertama, pelembagaan mekanisme (institutional design) penciptaan kepercayaan semua aktor politik di daerah, yaitu masyarakat sipil, masyarakat politik (partai politik), masyarakat ekonomi dan tentu saja negara atau state apparatuses. Kedua, pengembangan penguatan kapasitas administratif-teknokratik yang mengiringi pelembagaan yang telah diciptakan. Dari sisi masyarakat, DD diarahkan pada pelembagaan keterlibatan masyarakat terhadap aktivitas politik formal di tingkat lokal.
Poverty Alleviation (PA) merupakan program baru bagi IRE yang mulai dirintis tahun 2009. IRE menyadari bahwa upaya perbaikan dalam pengelolaan kepemerintahan dengan memperkuat aktor negara, masyarakat sipil, masyarakat politik dan pelaku ekonomi harus bermuara pada pengurangan kemiskinan, baik dari sisi kuantitas maupun kualitas. Dari waktu ke waktu pemerintah selalu mencanangkan program anti kemiskinan. Tetapi, jumlah warga miskin tak jua berkurang secara signifikan. Oleh karena itu IRE menggagas skema pembaharuan tata kelola kepemerintahan yang disinergikan dengan program-program yang langsung ditujukan pada upaya pemecahan persoalan kemiskinan masyarakat. Beberapa daerah yang memiliki pengalaman baik (good practices) dalam penanggulangan kemiskinan, dijadikan rujukan untuk menjadi sumber pembelajaran bagi inisiatif replikasi di daerah lain.
Program Community Development & Empowerment (CDE) dikembangkan IRE untuk meningkatkan pengetahuan, keterampilan, pengalaman, dan pendekatan integrasi CDE dalam governance reform. IRE menginisiasi program yang mengintegrasikan berbagai stakeholder untuk bekerja dalam ranah kemitraan, seraya memperkuat peran masyarakat sebagai service provider serta memperkuat dan memperdalam peran swasta/corporate dalam pengembangan dan pemberdayaan masyarakat, termasuk dalam pengurangan kemiskinan.
Untuk merealisasi program-program tersebut, IRE melakukan berbagai aktivitas seperti penelitian, pengorganisasian, publikasi dan advokasi kebijakan. Penelitian selalu menjadi energi bagi IRE untuk memperdalam kajian tentang berbagai fenomena yang tengah berkembang di masyarakat. Dari penelitian akan dihasilkan berbagai tulisan baik dalam bentuk artikel, policy brief maupun working paper. Penelitian juga menghasilkan pembelajaran yang diperdalam melalui diskusi rutin dan dipublikasikan untuk diseminasi wacana. Pengetahuan baru akan senantiasa diproduksi untuk memperkuat agenda pengorganisasian masyarakat dan advokasi kebijakan. Melalui perumusan program dan strategi implementasinya, IRE berharap bisa menjadi salah satu bagian dalam jaringan pengembangan tata kelola kepemerintahan dan pemberdayaan masyarakat di negeri ini.
